球员生涯
俱乐部经历
1985年~1992年在辽宁省少年足球队。
1993年~1998年在辽宁省青年足球队。
1998年,19岁的肇俊哲从辽宁青年队上调至辽足一线队,并在当年,与辽小虎一起帮助球队重回甲A。
1998年年底,肇俊哲入选鲍比·霍顿带领的中国队征战1998年曼谷亚运会。次年,肇俊哲成为霍顿国奥队的主力边前卫。
1999年,肇俊哲代表辽足参加甲A联赛,并在当年年底获得联赛亚军,第二年肇俊哲和队友获得了超霸杯冠军。
2001年,年仅22岁的肇俊哲担任辽宁足球队队长。
2002年,肇俊哲入选博拉·米卢蒂诺维奇执教的国家队,征战2002年韩日世界杯。中国与巴西队比赛,肇俊哲一次射门打在立柱上。
2004年,作为国家队副队长帮助球队取得2004年中国亚洲杯亚军,中超联赛中,辽宁中誉主场与深圳健力宝一战,肇俊哲怒摔队长袖标。肇俊哲被评为2004赛季中国足球先生,同年肇俊哲步入婚姻殿堂。
2006年,当选辽宁省十大杰出青年。
2008年,辽宁宏运降级,肇俊哲泪洒天津。
2009年,肇俊哲与队友完成冲超大任,自己职业生涯经历辽足第二次升级。
2011年,辽足拿到联赛第三名,这是进入中超后,肇俊哲代表辽足在联赛中获得的最佳成绩 。
2012年,成为中超出勤王,并且在最后一轮联赛中在86分钟任意球绝杀上海申鑫,帮助球队保级成功。
2013年,当选辽宁全运会大使。
2016年10月30日,在2016年中超末轮,辽足1:0战胜江苏苏宁的告别战之后,肇俊哲正式宣布退役 。
国家队经历
1998年,肇俊哲便入选了国奥队。
2002年2月,在中国队对阵斯洛文尼亚的贺岁杯比赛中,肇俊哲获得首发出场,担任左前卫;4月26日,在中国与韩国队的热身赛中,肇俊哲再次获得首发,担任左前卫;6月8日,在中国对阵迎战巴西的世界杯小组赛中,肇俊哲首发登场,这次肇俊哲首次在世界杯决赛圈的赛场上登场;在第61分钟,肇俊哲接到马明宇传球,一脚抽射中柱弹出,这是世界杯上中国队最接近进球的一次射门。
2003年,肇俊哲成为国脚的主力成员,在中国队肇俊哲与李铁组成双后腰。
2004年7月17日,在中国对阵巴林的亚洲杯比赛中,身披15号球衣的肇俊哲戴上队长袖标,这是肇俊哲第一次在杯赛及世预赛级别的比赛担任中国队队长,在亚洲杯六场比赛中打满全场。
2005年6月22日,肇俊哲在与哥斯达黎加的友谊赛中出场,但随即,他被国家队主帅朱广沪打入冷宫,朱广沪开始尝试赵旭日与李彦的后腰组合,并把李彦推成主力;肇俊哲错过了东亚四强赛和东亚运动会,崔鹏、朱海滨这批八零后甚至是八四后的球员开始登上主力位置,也就是从朱广沪时代开始,肇俊哲开始失去他在中国国家队的主力位置,乃至位置。
2007年亚洲杯最终名单上,朱广沪放弃了肇俊哲,2008年,中国足协搞出了杜伊与福拉多的双教练制,4月17日,福拉多率领中国边缘国脚组成一支所谓国家三队,参加了一场与墨西哥的友谊赛。这支中国队中,就包括了四年前的国家队长肇俊哲,肇俊哲此役担任边前卫,踢了80分钟被杨林换下,中国队以0-1负墨西哥。就在比赛地的西雅图,在最后一次代表国家队出战的两天后,肇俊哲过完自己的29岁生日。此后,他与国家队彻底绝缘 。
教练生涯
肇俊哲执教辽足 2017赛季
2016年12月27日,在辽宁省足球协会第三届会员大会中,肇俊哲当选了执委 。
担任永昌总经理
2017年1月23日,辽宁沈阳宏运俱乐部昨天宣布:肇俊哲出任俱乐部副总经理,主抓青训工作 。8月29日,辽宁沈阳开新足球俱乐部官方宣布:球队副总肇俊哲担任中方教练组组长至2017赛季结束 。
2018年9月28日,担任中国足协国家队管理部部长,兼训练总监 。
2019年9月23日,肇俊哲主动辞去国管部部长职务,该辞职报告目前还在审批当中 。
2019年12月13日,肇俊哲受聘为石家庄永昌足球俱乐部总经理 。
2020年12月23日,石家庄永昌足球俱乐部官方发布通告称,经友好协商,即日起肇俊哲不再担任俱乐部总经理一职 。