塞尔希奥·阿圭罗出生于阿根廷首都布宜诺斯艾利斯市内一处叫比利亚-伊塔蒂的贫民区。小时候，阿圭罗总是翻出窗外在简陋的足球场同伙伴们踢球。由于他总是能够做出各种意想不到的动作，阿圭罗的爷爷用KUN（来源于《大顽皮库姆库姆》中的主角KUMKUM）称呼自己的孙子  。

为了能让孩子接受更系统的足球训练，阿圭罗的父亲莱昂纳多找到了报道独立队新闻的记者冈萨雷斯。冈萨雷斯把阿圭罗推荐给了独立队的技术官员拉姆博特   。1997年，阿圭罗进入独立队青训营  。
阿圭罗出自阿根廷独立足球俱乐部青训营。2006年5月，阿圭罗登陆欧洲，加盟马德里竞技足球俱乐部。2011年7月，阿圭罗转会加盟曼彻斯特城足球俱乐部。在效力曼城的十年间，阿圭罗成为曼城队史第一射手，并随队夺得包括5个英超冠军在内的15个冠军。

2020-21赛季，阿圭罗继续笼罩在伤病的阴影下，先后遭遇膝盖受伤、腿筋受伤，还一度感染新冠病毒。2021年3月13日，英超第28轮主场对阵富勒姆，阿圭罗时隔417天再次在英超赛场上进球。3月29日，曼城宣布阿圭罗于赛季结束后离队。5月23日，英超末轮对阵埃弗顿的曼城主场谢幕战中，阿圭罗替补登场并梅开二度，在帮助球队5-0击败对手的同时亦以184粒英超进球打破了韦恩·鲁尼保持的英超球员在单一俱乐部的联赛进球纪录。5月29日，阿圭罗在欧冠决赛第77分钟替补登场，球队以0-1负于切尔西，无缘欧冠冠军。该赛季，阿圭罗为曼城在各项赛事中出场20次，攻入6球，另有1个助攻，帮助球队夺得英超冠军和英联杯冠军  。

阿圭罗共为曼城出战390场比赛，打入260粒进球，是曼城队史第一射手。阿圭罗亦是英超历史进球效率的纪录保持者、英超历史帽子戏法次数的纪录保持者和英超历史海外球员进球数量的纪录保持者  。在效力于曼城的十年间，阿圭罗随队夺得5个英超冠军、1个足总杯冠军、6个英联杯冠军和3个社区盾杯冠军 。
2021年7月，阿圭罗自由加盟巴塞罗那足球俱乐部。同年12月15日，阿圭罗因心脏问题宣布退役  。

2005年与2007年，阿圭罗帮助阿根廷U20队两次夺得世青赛冠军。2008年，阿圭罗帮助阿根廷国奥队夺得北京奥运会男足金牌。此后阿圭罗代表国家队出战过三届世界杯（2010年、2014年和2018年）和五届美洲杯（2011年、2015年、2016年、2019年和2021年），并于2021年美洲杯中夺得冠军 。