1879年， 一群教堂的礼拜者创立了富勒姆足球俱乐部，1888年定名为富勒姆。在1896年将主场确定为Craven Cottage之前，他们没有自己的主场，只能四处流浪。 
1907年，富勒姆加入了英格兰足球联赛，直到40年后他们才第一次进入顶级联赛，但随后不久便降入了乙级。50年代到70年代，富勒姆队在传奇人物海尼斯的带领下坚守住了顶级联赛的席位，后来的传奇人物如博比-摩尔、乔治·贝斯特等都曾在70年代在富勒姆队效力。
在1960年代，球队大部分时间都在旧英甲联赛（英超前身）但没有赢得任何重要的锦标。1975年，他们终于打进足总杯决赛，不过遗憾屈居亚军。但底蕴的薄弱最终令球队降级，在70年代后期，他们从顶级联赛降级并跌入了深渊。

20世纪90年代，埃及富商法耶德入主俱乐部，富勒姆在得到重大财力支持后于2001年升上英超，此后曾多次出现降级危机，不过每次都能顺利保级。2009-10赛季俱乐部再度迎来高光时刻，在欧洲足联欧洲联赛中获得亚军。
2013年7月入主富勒姆长达16年的法耶德将股份出售给美籍巴基斯坦裔的沙希德·可汗。2013/14赛季，富勒姆在英超联赛中表现不济陷入降级危机，虽然球队聘用马加特为新教练，但最终仍未实现保级，球队连续13年的英超生涯终止。2018年5月27日英冠升级附加赛在新温布利球场进行，富勒姆凭借上半场凯尔尼的进球1-0力克阿斯顿维拉，时隔四年重返英超。2020年8月5日，富勒姆在英冠升级附加赛决赛上以2-1击败布伦特福德，时隔1年成功重返英超。
2021年5月11日，富勒姆降入英冠联赛。

球队主场
克拉文农场球场（Craven Cottage）位于英格兰伦敦哈默史密斯-富勒姆区泰晤士河河畔的足球场，自1896年以来已是富勒姆的主场球场。2001-02年赛季末富勒姆预算拆卸克拉文农场重建，球队暂时搬迁到洛夫图斯路球场（Loftus Road）。但由于公众反对而最终被迫放弃，更于2003年12月公布800万英镑复修计划以使克拉文农场符合英超规定，据报资金主要来自出售萨哈到曼联的转会费收入。工程于2004年1月展开，刚好赶及2004/05年球季开季启用。复修后克拉文农场为22,000全坐席球场，首场比赛是于7月10日对沃特福德的季前热身赛。其后每年夏季克拉文农场球场也会进行小规模改建增加容量，现时可容25700人，但仍是英超第四最小的球场。卡云农舍球场近年主办数场国际比赛，主要是澳洲的比赛，主因是澳洲国家队的主要成员外流欧洲，而西伦敦亦是澳洲海外国民的集居地。