贝尔巴托夫亦是保加利亚国家队前任队长，在2010年因个人原因退出了国家队。贝尔巴托夫在保加利亚国家队长期都有着很高的进球率，因此他在2002年、2004年、2005年、2007年、2008年、2009年和2010年7次荣膺保加利亚足球先生的称号 。从2006年开始，贝尔巴托夫担任了保加利亚国家队队长。2009年10月14日，贝尔巴托夫在保加利亚对阵格鲁吉亚的世界杯预选赛中上演了帽子戏法，助球队6-2大胜。2009年11月18日，贝尔巴托夫在保加利亚对阵马耳他的比赛中独进两球，使得自己在国家队的进球数提高到了48个，超越了1970年代的保加利亚球星博内夫，成为了保加利亚国家队历史上的头号射手。2010年5月，贝尔巴托夫正式宣布退出保加利亚国家队   。
2019年9月19日，贝尔巴托夫宣布正式退役。贝尔巴托夫写道：“我的最后一场比赛已经过去超过一年了，所以我觉得现在是时候停下来了，是时候道别了。踢球的日子已经将近20年，我决定在此刻结束自己的足球生涯。”