在南斯拉夫解体之后，斯洛文尼亚独立参加了多次男篮世锦赛，在2006年的男篮世锦赛中，斯洛文尼亚和中国男篮同分在一个小组，就在出现争夺战中，斯洛文尼亚成为了悲剧的主角，在终场前5.8秒他们还领先2分，此时中国队发底线球，王仕鹏带球狂奔到前场后直接完成了一记大号三分绝杀，从而凭借净胜分的优势排名小组第四挤掉波多黎各闯入16强，而斯洛文尼亚队名列小组第三进入16强，在1/8决赛中84-90惜败给土耳其。最终在那届男篮世锦赛中，斯洛文尼亚获得了第12名的成绩。

斯洛文尼亚也是欧锦赛的常客，在2009年的欧锦赛中，斯洛文尼亚甚至最终获得了第四名的好成绩，从实力上讲，这支球队不可低估。

斯洛文尼亚仍然囤积着大批在美国和欧洲打球的球星，而在本次世锦赛上，有诸多大腕纷纷参战，菲尼克斯太阳的替补控卫德拉季奇和国王控卫尤德里都入选了国家队，除了此二人外，雄鹿的中锋布雷泽克以及曾经在NBA中混迹的前锋纳克巴也在球队阵容中获得了一席之地，拥有这样一支由NBA军团组成的队伍…

2019年9月19日国际篮联公布了参加东京奥运会男篮落选赛的24支球队名单，其中斯洛文尼亚国家男子篮球队位列其中。2020年6月23日至28日，将争夺东京奥运会剩余4张入场券。  

2021年7月5日，入选东京奥运会男篮参赛球队。  8月7日，在东京奥运会男篮铜牌赛上，斯洛文尼亚队以93-107不敌澳大利亚队，获得第四名