现有农学院、植物保护学院、资源与环境科学学院、园艺学院、动物科学技术学院（含渔业学院）、动物医学院、经济管理学院、公共管理学院（含土地管理学院）、理学院、人文社会科学学院、食品科学技术学院、工学院（含乡镇企业学院）、生命科学学院、信息科学技术学院、外国语学院、国际教育学院等16个学院和研究生院以及体育工作部。另设有金陵研究院、继续教育学院、中国新农村建设研究院、中华农业文明研究院、中央农业干部教育培训中心南农大分院等机构。